根据上述思想，发展我国食品工业的指导原则是：
1.以营养科学为指导的原则
食品工业是满足人类营养需要的产业，必须以营养科学为指导。特别是在温饱解决之后，人们的营养需要由相对简单的热量/蛋白质转向更为复杂的维生素、矿物质之类的营养素及其结构平衡，这时更需要食品工业从供给角度生产符合消费者营养需要的食品。这意味着食品工业必须以营养科学为指导，聘请营养专业技术人员研究消费者营养需求状况与趋势，开发适合消费者营养需要的食品，只有这样才能抑制我国食源性疾病快速增长的趋势，确保国人的营养与健康。
2.营养功能优先原则
坚持以营养科学为指导，把食品的营养价值置于核心地位，食品加工制造设备选择、加工制造技术和食品研发必须首先考虑对食品营养价值的影响。当食品的营养价值与味觉享受饱腹功能发生冲突时，要以营养价值优先，尽可能保留符合消费者需要的营养成分。
3.定向消费原则
食品的开发生产在考虑照顾中国传统饮食习惯和饮食文化的同时，更要充分考虑中国居民的营养状况和中国居民膳食摄入参考量标准（DRIs）。食品必须针对特定的消费者，有明确的消费人群。实行食品营养标签制度，每种食品都要标明营养素含量，适宜的消费人群及推荐的每日消费量。遵循这一原则就使前两个原则有了载体，落实到了具体的食品上。消费者可以在食品生产者的指导下，选择适合自己营养需要的食品。
三、食品工业发展方向
食品工业的发展方向就是在上述原则指导下，生产符合消费者需要的营养健康食品。
这里的核心是营养健康食品，即在营养科学指导下，针对特定人群特定营养需要生产的食品。这是一个多层次、动态的概念。同一食品对某类人是营养健康食品，而对另一类人可能是垃圾食品；今天是营养健康食品，明天可能就变成了垃圾食品。核心标准是消费者及其营养需要。
营养健康食品是小康社会的食品，是对传统食品不分人群、不怎么过问其营养价值的温饱食品向市场细分、针对特定人群营养需求的小康食品的升级。无疑，这一趋势是符合事物由简单到复杂，由低级到高级的发展规律的，也是符合市场发展规律的，因而具有强大的生命力和广阔的发展前景。具体来说，食品工业各行业应用营养科学的发展方向建议如下。
1.“全”营养食品
根据中国居民的营养标准和膳食平衡的原则，开发满足三餐营养需要的制成食品，实现餐桌食品工厂化和营养方便化。随着生活节奏的不断加快，这类食品不但有利于提高人民生活品质，而且还拥有庞大的消费群体（如战士、学生、职工等）和广阔的市场。
2.营养专用食品
针对不同年龄、不同职业、不同性别人群的营养需要，合理组配宏量与微量营养素和食物原料类别的配比，研制具有不同营养特性的系列专用化的营养食品，以适应食品多样化、专一化和个体化的发展要求。如孕妇食品、婴幼儿食品、军队食品、临床专用食品等。
3.营养强化食品
任何一种食品都不可能提供人体所必需的全部营养素。要达到合理膳食，均衡营养，在提倡食物多样合理搭配的同时，通过添加某些营养素，对食品进行营养素强化，提高食品的整体营养价值。如营养强化面粉、大米、食用油等。这类食品的覆盖面广，经济有效且简单易行，营养改善的效果长期而持久，人们也无需改变现有的饮食方式。营养强化食品的概念产生于20世纪初期的欧洲和北美，取得了显著的营养改善效果。目前发达国家的人们已经视在食品中添加微量营养素为理所当然，消费者可享受种类繁多的添加了微量营养素的食品，例如面包、麦片、奶制品、肉制品、水果、蔬菜等。我国碘盐推广也是一个成功的范例。
4.富营养食品
加大对食物营养素资源的深度开发利用，充分利用工农业加工制造手段，生产富含某些营养素的特色食品，如富纤维食品、高蛋白食品、富硒食品等。
5.营养补充剂
开发生产蛋白质、维生素、多糖、脂肪酸、矿物质等营养素类的单体和复配体的补充剂食品。西方发达国家的营养补充剂生产已发展为一个庞大的产业，产品大量出口我国。我国营养补充剂生产主要集中在制药行业，食品工业对其涉足不多，急需加强。
6.营养功能食品
结合传统中医药的优势，加强对食物营养和医用功能的充分利用，提取植物活性成分，大力开发生产用于防病保健的营养功能食品。