1、健全和完善有关法律法规
我国农药管理虽然已经纳入了法治化轨道，但有关法律法规还有待完善。鉴于农药在农业生产中的重要作用，尤其是对于食品安全的重要意义，有必要把《农药管理条例》升格为《农药管理法》，以更有效地调动政府和民间资源，加强对农药生产经营的监督管理，为农业生产和食品安全提供基础保障。而在基本法律框架下，某些不合理或不适应的具体规定也应进行修改、完善。如对高毒农药要严格限制，逐步降低其比例直至取消；重视农药的环保标准，从生产企业的生产条件和生产工艺到农药产品质量标准，都要有严格、明确、细化的环保指标（如对企业污染排放要有总量控制、产品质量标准中应有有害或不明杂质限制），标准的执行对于所有农药企业（不论大、小企业，不管内资外资）都一视同仁；农药登记中增加知识产权审核标准，加强知识产权保护，鼓励企业研发。
2、建立科学合理的农药管理体系
建立科学合理的农药行业管理体系，从研究开发、生产流通到储存使用等全过程都要强化管理。重点在于加大知识产权保护、三废排放监管、经营流通监管、农技服务等方面的管理力度。
应进一步理顺政府管理体制，改革和完善现行管理方式。鉴于我国目前的体制状况和现实可能，应明确农业管理部门在农药生产和经营管理中的主导地位。《农药管理条例》虽然赋予了农业部门以管理权，但在具体工作中却没有执法权；发改、工商、商务、质检、环保、专利等部门虽然也从不同角度参与农药管理，但相关权责并没有明确规定。所以，应在法律上对相关农药管理部门的责任和权力进行规制，明确职责分工，建立相关协调机制，同时建立对失职、渎职行为的追究制度。
对于农药生产企业的投资审核，可由发改委、农业部共同拟订市场准入标准，由农业部门操作。对农药的登记管理、许可证发放，在修订有关标准的基础上，由农业管理部门负责。环保部门应对农药生产、使用对农业和环境造成的现实和潜在影响进行检测评估，并把有关结果及时通报农业、工商等部门，提高农药生产经营管理的针对性和及时性。工商、商务、质检等部门配合农业管理部门对农药流通进行监督检查和行政执法。
同时，也要体现有所为有所不为的原则，对于市场机制可以解决的问题政府不加干预，而对于员工健康安全、产品质量控制、环境保护、食品安全等则要加大监管力度。
3、提高农药行业的准入门槛
由于农药生产的技术水平、环保投入、质量控制以至损失赔偿等都与投资规模密切相关，建议对采用传统工艺的原药生产、制剂加工等不同生产方式规定最低投资额和最低环保投入比例。如原药生产企业的最低资本金不能低于3000万人民币，加工企业最低资本金不能低于500万人民币，环保投入不能低于投资总额的15%。同时，尽快建立农药生产企业类似于药品生产GMP标准的认证制度，新建立企业须达到标准方准投产，已建企业限期达标，不合格的淘汰。通过必要的行政手段和市场手段，规范农药生产秩序，促进农药生产企业升级。
对现有农药生产企业要按照国家法律法规要求进行严格监督检查，对于使用国家明令禁止的落后技术工艺的，应责令立即停止使用；产品质量不达标禁止出厂；达不到环保标准的生产企业要坚决予以关闭。对于生产和产品质量问题造成严重后果的案件，要追究有关人员的行政和法律责任。
4、整顿农药经销秩序
重新审定农药经销标准，对于农药经营者要有资金和技术的双重要求。农药批发企业注册资本最低不能低于50万元，零售企业注册资本不能少于5万元。批发企业必须有一定比例的专业技术人员，零售企业的销售人员也必须经过专门培训，具备必要的农药使用知识。为此，地方农业管理部门应对农药经销企业销售人员进行免费培训，考核合格后才能从事农药销售。
配合我国清理整顿市场秩序的工作，建议对目前我国农药经销市场进行专项清理，取缔不合格的、非法的经营者，严厉查处销售假冒伪劣产品坑农害农的事件。现在农技站、植保站等政府管理部门下属的农药经销企业应立即脱钩，改制成独立的经营实体。至于基层农业管理（技术）部门的经费问题，则应由国家财政全额负担，这部分支出（农业技术支持）可以在财政中单列，作为我国农业支持政策的一部分。这样既有利于农药销售的公平竞争，又加强了政府管理农业的力度；有关财政支持既不违反世贸组织有关规定（农业技术支持可以列入“绿箱”政策），又实实在在地支援了农业。
5、规范农药产品出口管理及产品质量
我国农药产品出口量逐年增加，而农药产品在全世界范围内均作为特殊商品，因此各国均采用较为严格的登记制度，这对我国农药产品质量、出口农药的技术资料准备均提出较高的要求。目前我国农药出口企业采取让利于进/出口商，由他们承担登记费用和风险的做法，将产品出口到其他国家。但包括东南亚国家在内的我国农药传统出口国纷纷加强对农药进口的管理措施，同时随着我国农药出口量的增加，在国外农药质量纠纷也时有发生。为维护我国农药行业的声誉，减少不必要的国际贸易纠纷，应该加强和规范农药产品出口管理，从规范农药企业生产做起，提高农药产品质量。
农药行业的发展不能以牺牲环境为代价，更不能允许以转移污染的方式维持农药行业的利润。应该加强环保要求，严格执法，避免单纯为谋求出口而出现的污染转移问题。